Stage Halofiele archaeale symbionten in co-cultuur met hun gastheren en verrijking van nieuwe symbiont-gastheersystemen
Cultivatie-onafhankelijke technieken hebben veel nieuwe lijnen van microbiële symbionten aan het licht gebracht die behoren tot respectievelijk de Bacteriën en Archaea. De recent ontdekte DPANN-archaea omvatten bijvoorbeeld diverse symbionten, waaronder parasieten, die wereldwijd voorkomen maar tot voor kort aan onze aandacht ontsnapten. Tot nu toe zijn slechts enkele vertegenwoordigers van de DPANN met succes verrijkt in co-cultuur met hun gastheren. Gedetailleerde studies van dergelijke gekweekte symbiont-gastheersystemen ontbreken grotendeels, wat ons begrip van de biologie, evolutie en ecologische functie van DPANN beperkt.
Beschrijving
In dit project krijg je inzicht in de groeidynamiek en de aard van de symbiotische interacties van een recent gekweekte halofiele symbiont en zijn gastheer/gastheren. Je zult nieuwe symbionten behorend tot de DPANN-archaea verrijken in co-cultuur met hun gastheren. Daartoe leer je de kweek van halofiele archaea, evenals het gebruik van verschillende microscopie- en moleculaire benaderingen, waaronder qPCR. Verder leer je nieuwe symbionten die behoren tot de DPANN-archaea te verrijken in co-cultuur met hun gastheren.
Technieken:
• Kweek van symbionten en hun gastheren en substraattesten
• Licht- en fluorescentiemicroscopie
• Moleculaire biologie (bijv. DNA-zuivering, qPCR)
• Vergelijkende genoomanalyses
Achtergrondinformatie
Dombrowski, N., Lee, J.H., Williams, T.A., Offre, P. and Spang, A. (2019). Genomic diversity, lifestyles and evolutionary origins of DPANN archaea. FEMS Microb. Letters Vol 366: 2, 1.
Hamm JN, Erdmann S, Eloe-Fadrosh EA, Angeloni A, Zhong L, Brownlee C, Williams TJ, Barton K, Carswell S, Smith MA, Brazendale S, Hancock AM, Allen MA, Raftery MJ, Cavicchioli R. Unexpected host dependency of Antarctic Nanohaloarchaeota. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Jul 16;116(29):14661-14670.
La Cono V, Messina E, Rohde M, Arcadi E, Ciordia S, Crisafi F, Denaro R, Ferrer M, Giuliano L, Golyshin PN, Golyshina OV, Hallsworth JE, La Spada G, Mena MC, Merkel AY, Shevchenko MA, Smedile F, Sorokin DY, Toshchakov SV, Yakimov MM. Symbiosis between nanohaloarchaeon and haloarchaeon is based on utilization of different polysaccharides. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Aug 18;117(33):20223-20234.
Functie-eisen en solliciteren
Afhankelijk van de interesses en timing zijn er verschillende onafhankelijke projecten voor MSc-studenten mogelijk. De duur van het studentenproject is ongeveer zes maanden.
Neem voor meer informatie of om te solliciteren contact op met dr. Anja Spang: