Stage De metabolische vingerafdruk van interacties tussen bacteriën en schadelijke algen
Sommige zeealgen veroorzaken schadelijke bloei en produceren toxines die gevaarlijk kunnen zijn voor andere levensvormen, waaronder mensen. Het omringende microbioom van deze algen, dat bestaat uit een grote verscheidenheid aan mariene bacteriën, kan een regulerende rol spelen in het tijdstip en de omvang van de algenbloei. Een algenbloei heeft dramatische gevolgen voor de samenstelling van de mariene microbiële gemeenschap en de daarmee samenhangende microbiële functies. Daarom beïnvloeden zowel de dynamiek van de algen als de bacteriële abundantie de mondiale biogeochemische cycli en het klimaat. Studies uit het afgelopen decennium hebben chemische communicatie aangemerkt als een belangrijke vorm van interactie, waarbij specifieke chemische stoffen hun sporen achterlaten in zowel het intra- als extracellulaire metabolisme van de interactieve micro-organismen.
Beschrijving
In dit project breng je het extracellulaire metabolisme van een ecologisch belangrijke schadelijke alg en de bacteriën in zijn microbioom in kaart. Je analyseert een dataset van een exometabolomics-experiment met als doel unieke metabolieten te identificeren die worden geproduceerd door de bacteriën en die de groei en fysiologie van algen beïnvloeden.
Technieken:
- Begeleide en onbegeleide statistische analyses van metabolomica-gegevens
- Moleculaire netwerken van metabolomica-gegevens
- Voorspelling en identificatie van metabolieten
Functie-eisen en solliciteren
Als je een masterstudent bent met ervaring in bio-informatica/chemo-informatica en statistische analyse en geïnteresseerd bent om samen met ons aan dit spannende en vernieuwende onderzoeksonderwerp te werken, neem dan contact met ons op om de mogelijkheden voor een stage te bespreken. Het project (bij voorkeur minimaal 6 maanden) gaat naar verwachting in april-mei 2026 van start.
Dr. Julia Engelmann (julia.engelmann@nioz.nl)
Dr. Guy Schleyer (guy.schleyer@nioz.nl)